日本的UFO研究在一开始并非独立存在，它的相关研究机构主要都为美国研究机构的分支。

　　例如，美国人乔治·亚当斯基自称曾搭乘金星人的飞碟到过金星，回来发表《飞碟已降临》一书，轰动一时，之后，亚当斯创立了“认识真相计划”协会。其日本分会也于1961年创立，主题以亚当斯基的哲学观为范围，并实地练习心灵感应术。

　　实际上，几十年来，对UFO的热情在日本也一直处于高涨状态。在日本的各个高校，都会有学生自发地组成社团来探讨UFO问题，并且十分流行所谓的“UFO召唤仪式”，希望能够与外星人建立所谓的“联络”，这一现象直到今天依然存在。

　　1956年10月8日，日本媒体报道，冲绳岛附近突然出现一个UFO，恰好一架西方盟国的战斗机正在附近实弹打靶，反应迅速的炮手立即向它开炮，但令人不解的是，炮弹爆炸后UFO毫发无损，“先下手为强”的战斗机却碎成残片，机毁人亡。此后，日本民间也出现了数次UFO目击报告，不过数量很少。

　　但相关科学人员指出，该事件是人们对自然现象“精灵闪电”的视觉误差，使得他们认为自己看到的是飞碟。在雷电交加的天气中，人们常会看到舞动的闪电，科学家也用照相机偶然拍摄到“精灵闪电”这种奇特的闪电现象，它们大多形成于距地面56—129公里处，尽管众多视频显示它们呈现出条纹状或卷须状，但它们也可以形成快速移动的电球。

　　1957年10月20日，五个日本知名UFO团体，包括日本飞碟研究会、飞碟研究小组、日本UFO俱乐部、近代宇宙旅行协会及京都大学飞碟研究会等，共同发起“全日本飞碟研究连合”，发表《宇宙和平宣言》，呼吁全人类重视飞碟现象，使人类意识觉醒，实现世界和平，才是人类文明的转机，迈向宇宙全体之和平。相关研究机构还提出超科学、宇宙科学等概念，并组织活动探讨耶洛星人、DNA灵之间的关系，脑波与宇宙能量等问题的探讨，听上去多数都带有强烈的幻想色彩。

　　其实，自从二次世界大战以来，日本曾出现了大量的信仰超自然的新宗教。估计在日本大约有10万多名算命先生活跃在民间，信徒主要是年轻妇女。而 UFO研究与此同时也开始兴起。但自日本代表性的邪教团体——奥姆真理教——制造东京地铁沙林毒气事件之后，日本国民对这类不确定的事情，包括UFO研究等通常不加以特别关注。加之日本是一个地震频发的国家，人们更愿意相信此类UFO事件用是自然现象。

　　随着时间推移，更为理性地认识UFO现象成为了主流的呼声。日本在本世纪初，由50多名日本天文学和宇宙物理学等领域的科学家成立了“日本类地行星探索计划”工作组。他们制定了具体的探索计划，向政府申请预算，以获得国家的承认和资助，其中的研究目标包括：直接观测太阳系外的类地行星；完全测量太阳附近的大约150个星球；对大约50个天体的大气构成、特别是水和二氧化碳等进行光谱分析；对大约5个天体的生命指标、特别是氧气和甲烷等进行高灵敏度的光谱分析，并就一般天体（数百个）进行超高分辨率的观测。

　　有趣的是，不仅民间在进行煞有介事的研究，即便是官方，也会就UFO问题进行争论。2007年，就“UFO存不存在”、“UFO来袭怎么办”这种话题，日本首相、官房长官、防卫大臣、文部科学大臣、自民党高官等人甚至展开了一场不乏相互攻击的论战。反对派参议员在会议上公开质询，要求政府尽可能地收集UFO相关情报，来应对可能发生的危机。而当政府发布正式答辩书表示“没有确认过UFO的存在”后，又有无数大员站出来唱反调，表示自己“坚定地相信UFO存在”，以至于惊动了当时的首相福田康夫出来澄清。可见，从日本的上上下下，都已经将UFO等价于外星飞船，并且对其颇为严肃。

　　有学者提出，应该推行更为有效的观测手段来确认UFO的存在，目前两种手段比较可行：一是使用日本“H2A”火箭发射的四颗红外线探测望远镜，二是利用美国“哈勃”太空望远镜或专门的宇宙望远镜。不过有共识的是，寻找类地行星是全人类的共同课题，日本一国难以胜任，最好是与美欧国家进行合作。